海瑞果然胆识过人。面对如此蛮横的皇帝，语气稍重都得提心吊胆，更何况他句句铿锵，言之凿凿，直指皇帝的为政弊端呢？就连海瑞自己也预计上疏之后难逃一死，事先安排好了后事。然而，结果却出人意料。
虽然嘉靖皇帝看后勃然大怒，命随侍的宦官“趣执之，无使得遁”，然而在得知“此人素有痴名。闻其上疏时，自知触忤当死，市一棺，诀妻子，待罪于朝，童仆亦奔散无留者，是不遁也”之后，嘉靖皇帝沉默良久，拿起奏疏反复阅读。最终只将海瑞关押入狱，并未执行死刑。
对于嘉靖皇帝没有立斩海瑞的原因，后人做出了不少推测。一说海瑞官职虽小，却有清正刚直之名。其居官清廉，刚直不阿，救济黎民，有“海青天”之称，深得百姓尊敬与爱戴。若杀海瑞，则天下震动；二说嘉靖皇帝欣赏海瑞，认为可以“以作治贪之利器”；三说嘉靖为向天下人展示其虚怀纳谏、宽宏大量的帝王气量，故放海瑞一条生路。